La casa parrocchiale, situata in piazza Pio IX, ha rilievo storico e culturale per la comunità di Magnago poiché residenza, da fine ’500 e fino all’inizio del ’900, dei Nobili Della Croce, di antica stirpe milanese. Le origini della famiglia sono fatte risalire alla Prima Crociata, quando il 15 luglio 1099, Giovanni da Rho issò per primo sulle mura di Gerusalemme la bandiera con la croce rossa dell’esercito cristiano, e da lì in poi fu chiamato Giovanni della Croce. La famiglia da lui generata, la “Della Croce”, divenne una delle più importanti tra le casate nobili milanesi; lo stemma reca una Croce Rossa Biforcata in campo bianco.

I primi anni del 1700 segnano una svolta nella storia della Chiesa Parrocchiale, infatti da allora non si parla più di chiesa ristrutturata, ma di una nuova chiesa.

In un documento, redatto durante una visita pastorale, intitolato “Pro Ecclesia Parochiali S.ti Michaelis loci Magnaghi”, si legge tra l’altro: “…la chiesa è piccola, incapace di contenere tutto il popolo e si ha fiducia nell’operosità del Vs. Parroco Camillo Besana che ha fatto molte cose, e abbiamo visto i disegni per la nuova chiesa parrocchiale, con il materiale già predisposto per la costruzione… da questo momento diamo mandato al Vs. Parroco affinché si dia da fare per il detto edificio oltremodo necessario, vista la poca capienza dell’antica chiesa parrocchiale…”.